פרופ' אוטמזגין סיים את לימודי התואר הראשון באוניברסיטה העברית בלימודי מזרח אסיה ומדע המדינה. עם סיום התואר, הוא טס ליפן להמשיך את לימודיו הודות למלגה מממשלת יפן ולאחר שש שנים, במרץ 2007 סיים את הדוקטורט באוניברסיטת קיוטו. מחקריו התפרסמו בשני ספרים, שישה ספרים ערוכים ועשרות פרקים ומאמרים בכתבי עת מובילים.

מחקריו עוסקים בשאלות הגדולות של חקר תרבות: כיצד תרבות נוצרת, כיצד היא מועברת, וכיצד היא מתקבלת, וזאת מתוך הסתכלות בתרבות העכשווית ביפן ובמזרח אסיה. פרופ' אוטמזגין חוקר את המנגנונים התרבותיים, החברתיים, הכלכליים והפוליטיים האחראיים לכך, תוך תשומת לב מיוחדת למחקר הנשען על ידע אמפירי רחב שבעקבותיו מגיע פיתוח תיאורטי מעמיק.

המחקר בו הוא החל את דרכו האקדמית עסק בתפוצת התרבות היפנית במזרח אסיה ובהפיכתה של יפן ממדינה המזוהה עם כלכלה ותעשייה מפותחת למדינה בעלת עצמה תרבותית חוצה-גבולות. כחלק ממחקר רחב זה, הוא שהה קרוב לשנתיים באיסוף חומרים בהונג קונג, סינגפור, בנגקוק, שנחאי, טאיפיי וסאול (בנוסף לשלוש שנים ביפן), בחן את מסלול היצירה והתפוצה של התרבות הפופולארית היפנית באסיה ואת מדיניות הממשלה היפנית כלפי תעשיות התרבות. מאז הרחיב את מחקריו לעיסוק בממדים התרבותיים ביחסי יפן-דרום מזרח אסיה מאז מלחמת העולם השנייה ובהשפעה של תפוצת התרבות הפופולארית על תהליכי רגיונליזציה (אזוריות( בצפון מזרח ודרום מזרח אסיה.

1. פרס נשיא האוניברסיטה העברית מוענק לד"ר ניסים אוטמזגין
2. מאמר על לימודי יפן בישראל (באנגלית)
3. האגודה הישראלית ללימודי יפן
4. הרצאה בנושא "עלייתה ונפילתה של האימפריה היפנית באסיה"
5. ראיון בתכנית גלובוס, ערוץ 1, בנושא דימויים של יפן ויחסיה עם שכנותיה האסייתיות
6. סקירה של ספרו של ד"ר אוטמזגין Regionalizing Culture: בAsian Ethnologyx
7. סקירה של ספרו של ד"ר אוטמזגין Regionalizing Culture: בJournal of Japanese Studies
8. סקירה של Popular Culture and the State in East and Southeast Asia