התלמידים יתמחו באותו תחום גאוגרפי (סין או יפן) שבו בחרו בלימודי הב"א. תלמידים שסיימו תואר ראשון בחוגים אחרים יחויבו בלימודי השלמה שיכללו את לימודי החובה העיקריים של התואר הראשון, כולל לימודי השפה. במסגרת לימודי המ"א ישתתפו תלמידי שני המדורים בסמינריונים מחקריים, בקריאה מודרכת וכן בקורסים מתוך החוג ומחוץ לחוג בתיאום עם המדריך האישי במדור (אפשר גם מן המדור השני ).
במדור סין יינתנו מדי שנה מספר סמינריונים אינטגרטיביים העוסקים בסוגיות מרכזיות של ההיסטוריה, הפוליטיקה והחברה הסינית; תלמידי המדור במסלול העיוני חייבים בהגשת עבודה סמינריונית אחת לפחותבסמינריון אינטגרטיבי.
תלמידים יוכלו לקחת שיעור של הדרכה אישית אצל אחד המורים, בנושא שייקבע בהסכמת המורה, כתחליף לאחד משיעורי הבחירה.
תלמידים המחדשים לימודיהם לאחר הפסקת לימודים יצטרכו להוכיח את שליטתם בשפת התמחותם (סינית או יפנית); במידה ולא יעמדו בבחינה,יצטרכו לחזור ללמוד קורס סינית/יפנית שנה ג'.
היקף הלימודים במסלול המחקרי יהיה 28 נ"ז (לא כולל משימות בכתב)
על התלמידים להגיש רפראט בשניים מקורסי הבחירה. משקל הציונים בקורסים וברפראטים יהיה 35% מהציון המשוקלל. העבודה בכתב אינה מזכה בנ"ז.
תלמידים שאינם ממשיכים לדוקטורט יגישו עבודה סמינריונית אחת, ותלמידים הממשיכים לדוקטורט יגישו הצעת מחקר - משקל ציון העבודה הסמינריונית או הצעת המחקר יהיה 15% מהציון המשוקלל.
תלמידי המסלול המחקרי יכתבו עבודה סמינריונית בעלת אופי מחקרי - משקל הציון בעבודה זו יהיה 35% מהציון המשוקלל. ציון הבחינה המסכמת יהיה 15% מהציון המשוקלל.
קריאה מודרכת בטקסטים סיניים/יפניים (שנה א ) 4 נ"ז
קריאה מודרכת בטקסטים סיניים/יפניים (שנה ב ) 4 נ"ז
לימודי בחירה מתוך החוג ומחוץ לחוג ( בתיאום עם מדריך אישי) 18-16 נ"ז
חובת השתתפות בסמינריון המחלקתי בשנה א' או ב' 2 נ"ז
שיטות מחקר בהיסטוריה הסינית או בסין העכשווית ( תרגיל לתלמידי מדור סין בלבד) 2 נ"ז
סה"כ 28 נ"ז
- עבודה סמינריונית אחת/או הצעת מחקר לדוקטורט
- עבודה סמינריונית מחקרית מורחבת
- בחינה מסכמת
שפה זרה שנייה
במסלול המחקרי, יש ללמוד שפה זרה מודרנית שנייה (מלבד שפת ההתמחות) ברמת מתקדמים, דהיינו ברמה של שנתיים לפחות. בחירת השפה הזרה כרוכה באישור בכתב מאת המדריך האישי (או מאת יועץ המוסמך של החוג). ככלל, החוג ממליץ על שפה אסיינית שנייה (קרי סינית לתלמידי מדור יפן או יפנית לתלמידי מדור סין ; ) או שפה אירופית בה מתקיים מחקר אינטנסיבי בתחום לימודי אסיה (צרפתית, גרמנית ובתחומים אחדים - גם רוסית, ספרדית או איטלקית). בנסיבות מסוימות תאושר לתלמידים שפה אחרת (ערבית, פרסית, תורכית). במקרים מיוחדים יורשו התלמידים לבחור בקוריאנית ברמת מתקדמים כשפה זרה שנייה – בתיאום עם המדריך הראשי ובאישור ראש החוג.
בחינה מסכמת
בסיום כל המטלות לתואר השני ייבחנו התלמידים בבחינה מסכמת בכתב ובע"פ. הבחינה המסכמת תתקיים פעמיים בשנה במועדים קבועים (ביוני ובדצמבר). חומר הקריאה של הבחינה, נושאים לדיון בה וכן מטלות אחרות (כגון הגשת דו"ח קריאה נלווה לבחינה) יפורסמו על אתר החוג ויעודכנו מדי פעם בעת חופשת קיץ